Le programme Wehubit est principalement financé par la Belgique et est mis en œuvre par Enabel, l'agence belge de développement.
Il est guidé par un comité de pilotage, qui est l'organe stratégique supervisant la gestion du programme. Les membres permanents du Comité de Pilotage sont :
un représentant de la DGD, ministère belge de la coopération au développement (Présidence).
un représentant de BIO, la société belge d'investissement pour les pays en développement.
un représentant d'Enabel, l'agence belge de développement.
Le Secrétariat du Comité de Pilotage est assuré par le Manager de Wehubit.
Depuis mai 2021, Wehubit est également financé par l'Union Européenne, dans le cadre du « Programme UE-ACP de Réponse Numérique au Covid-19 », mis en œuvre par l'AFD et Enabel.